Eric Clapton urodził się w Ripley, w hrabstwie Surrey, w Anglii, jako nieślubne dziecko 16-letniej Patricii Molly Clapton i Edwarda Waltera Fryera, 25-letniego kanadyjskiego żołnierza. Fryer jeszcze przed narodzinami syna wyruszył na wojnę, a później wrócił do Kanady. Erica wychowywała babka ze swoim drugim mężem. Chłopiec wierzył, że są oni jego rodzicami, a jego matka – starszą siostrą. Dziadkowie nosili nazwisko Clapp, co było przyczyną pojawiających się sugestii, jakoby to było prawdziwe nazwisko Erica. Później jego matka poślubiła innego kanadyjskiego żołnierza, przeniosła się do Kanady i zostawiła syna do wychowania dziadkom. Eric odkrył rodzinny sekret w wieku 9 lat i był to w jego życiu moment przełomowy.

Eric wyrastał jako zdeklarowany „urwis". Uczęszczał do szkoły średniej Hollyfield w Surbiton. Jego pierwszym  zawodem był listonosz. Od najwcześniejszych lat miał kontakt z bluesem i w wieku lat 13 dostał na urodziny gitarę    z metalowymi strunami. Nauka gry była jednak dla niego tak trudna, że mało brakowało, a dałby za wygraną. Po ukończeniu szkoły Eric ukończył jednoroczny kurs w roku 1962 w Kingston College of Art. Mniej więcej w tamtym okresie zaczął grywać na ulicy w okolicach Kingston upon Thames, Richmond upon Thames oraz londyńskiego West Endu.

Eric wstąpił do swojego pierwszego zespołu kiedy miał 17 lat, a był to zespół grający muzykę R&B – The Roosters – grał w nim od stycznia do sierpnia roku 1963. We wrześniu tego roku wziął udział w siedmiu występach grupy Casey Jones and the Engineers.